La oración es el corazón de la vida de la Comunidad de Sant'Egidio y su primera obra. Al finalizar el día, cada Comunidad de Sant'Egidio, por pequeña o grande que sea, se reúne en torno al Señor para escuchar su Palabra. De la escucha de la Palabra de Dios y de la oración, en efecto, brota la vida de la Comunidad. Los discípulos no pueden dejar de estar a los pies de Jesús, como hizo María de Betania, para recibir su amor y aprender de él sus mismos sentimientos (Flp 2,5). 

Por ese motivo la Comunidad, volviendo a los pies del Señor, hace suya cada tarde la demanda del discípulo anónimo: "¡Señor, enséñanos a orar!" Y Jesús, maestro de oración, continúa respondiendo: "Vosotros, pues, orad así: Abba, Padre." No es una simple exhortación. Es mucho de más. Con estas palabras Jesús hace que los discípulos participen en su misma relación con el Padre. En la oración incluso antes que las palabras cuenta el ser hijos del Padre que está en los cielos. Y así pues orar es ante todo un modo de ser: o sea hijos que se dirigen con confianza al Padre, sabiendo que les escuchará. 

Jesús enseña a llamar a Dios: "Padre nuestro", y no sencillamente "Padre" o "Padre mío." El discípulo incluso cuando reza personalmente, no está nunca aislado o huérfano; siempre es miembro de la familia del Señor. En la oración comunitaria aparece con claridad además del misterio de la filiación el de la fraternidad. Los antiguos Padres decían: "No se puede tener a Dios por Padre si no se tiene a la Iglesia como madre." En la oración comunitaria el Espíritu Santo reúne a los discípulos en la "sala del piso superior", junto a María, madre del Señor, para que dirijan su mirada hacia el rostro del Señor y aprendan de él su corazón. 

Las Comunidades de Sant'Egidio, diseminadas en el mundo, se reúnen en los diversos lugares de oración y presentan al Señor las esperanzas y los dolores de las "multitudes cansadas y abatidas" (Mt 9,36) de las que habla el Evangelio. En aquellas multitudes antiguas están presentes las multitudes abatidas de las ciudades contemporáneas, los millones de prófugos que continúan abandonando sus tierras, los pobres dejados al margen de la vida y todos aquellos que esperan que alguien cuide de ellos. La oración comunitaria recoge el grito, la invocación, la aspiración, el deseo de paz, de curación y de salvación que tienen los hombres y las mujeres de este mundo. La oración nunca es vacía. Asciende incesantemente al Señor para que la angustia se transforme en esperanza, el llanto en alegría, la desesperación en gozo, la soledad en comunión. Y para que el reino de Dios venga pronto entre los hombres.