Das Krankenhaus, dessen Verwaltung die Gemeinschaft übernommen hatte, war stark von den Kriegshandlungen betroffen: Nahe am Stadtzentrum gelegen, wurde es mehrfach heftig bombardiert und im Herbst 1998, nur ein Jahr seit seiner Übernahme durch die Gemeinschaft, von Truppen der senegalesischen Armee als Basislager benutzt. Krankenzimmer, Laboratorien und die Abteilungen zur ambulanten Behandlung von Patienten wurden zerstört. Die schwer kranken Patienten waren schon bei Beginn der Feindseligkeiten in das 30 Kilometer von Bissau entfernte Krankenhaus von Cumura evakuiert worden, wobei einige Patienten und Mitglieder des Krankenhauspersonals ums Leben gekommen sind.
Die Zerstörungen betrafen auch Instrumente, Möbel und andere Ausstattungsgegenstände, die nicht mehr zu gebrauchen waren. Auch die Wasserversorgung und die hygienische Einrichtung wurden zerstört...

Besonders besorgniserregend ist, dass das Krankenhaus auch in seiner Bausubstanz stark beschädigt wurde.
Das bedeutet, dass etwa 20% seiner Bausubstanz eingerissen und neuerrichtet werden müssen, während die verbleibenden 80% einer radikalen Sanierung unterzogen werden müssen. Abgesehen von den durch Bomben verursachten Schäden resultiert ein Teil des Schadens auch daraus, dass Regenwasser wegen der fehlenden Bedachung ungehindert in wichtige Versorgungsstrukturen des Hospitals dringen konnte.

Die Gemeinschaft hat daraufhin begonnen, die nötigen Gelder zum Wiederaufbau des Hospitals zu sammeln, sodass im September 2000 der Wiederaufbau des Krankenhausgebäudes beginnen konnte.