Sant'Egidio, face aux graves conséquences imposées par l'urgence, choisit de renforcer les structures sanitaires albanaises présentes à Kukes et en particulier l'unique service ambulatoire d'assistance aux mères et aux enfants de la ville. Comme on sait dans des situations analogues, la portion la plus vulnérable de la population est constituée des mères et des enfants, et la plupart des réfugiés kosovars étaient des femmes et des enfants. Il fallait donc intervenir immédiatement avec un programme de la santé des enfants et des mères souvent nourricières. Ce service totalement gratuit a enregistré un flux de plus de 8.500 assistés en moins de deux mois d'activité. Il a été réduit seulement après le retour des réfugiés au Kosovo à la mi-juin 1999.

Les rapports de l'Unité de Crise du gouvernement albanais avaient un ton apocalyptique, du reste tout à fait fondé. Pendant que les secours tardaient, les réfugiés étaient assistés par la population albanaise dans la mesure des ressources existantes en nourriture et en logement de fortune. L'imprévisibilité des variations quotidiennes du flux des réfugiés contribuait à aggraver la difficulté.

La difficile situation sanitaire du Nord de l'Albanie comportait en outre un risque d'épidémie de maladies contagieuses comme les infections du genre diarrhée et méningite. Il faut noter que, déjà en 1994, il y eut une épidémie de choléra en Albanie du Sud et une dernère épidémie de poliomyélite qui a touché l'Europe occidentale et a pénétré en 1996 en Albanie au départ de Kukes.

                                                                              Source: UNFPA - UNICEF

Quant au nombre des réfugiés, l'UNHCR estimait que la ville hébergeait, comme hôtes dans des familles albanaises, environ 40.000 réfugiés. Les camps spontanés les plus importants étaient: le camp des patates, le camp de Zabel et le camp du parc des enfants. Ces camps, constitués pour la plupart de tracteurs couverts de bâches, avaient une population très variables. Quelques uns l'estimaient entre 15 et 25.000; à quoi il fallait ajouter ceux qui transitaient par la ville quelques jours seulement (quelque 10.000 personnes de plus pour un jour ou une nuit). Dans la ville, sur la place de la préfecture, était l'endroit où étaient concentrés les réfugiés destinés à d'autres localités. La centre était donc occupé en permanence par une foule dont le nombre ne peut être estimé. C'était les réfugiés les plus pauvres, incapables de survenir à leurs besoins, qui acceptaient le transfert dans les camps organisés par les autorités albanaises et l'UNHCR dans d'autres lieux en Albanie. Au début d'avril, il n'y avait aucun camp organisé à Kukes, sauf celui qui était proche de la mine 'Uzhina' , dit Kukes 1, géré par l'Opération Arc-en-Ciel.

La Croix-Rouge italienne établit un hôpital de campagne et une plate-forme d'atterrissage pour les hélicoptères destinés au transport des malades les plus graves. 

L'hospitalité à l'égard des réfugiés dépendait des structures albanaises, en particulier des écoles qui fourmillaient de gens, qui, de toute manière, devaient être rapidement déménagés ailleurs. Près du siège de la commune, l'UNHCR distribuait gratuitement le pain quotidien (une ration de 500gr par tête) pour un maximum de 10.000 réfugiés par jour.

La santé publique de Kukes dépendait désormais de la recherche d'aide. L'hôpital civil, surpeuplé de vieilles personnes en mauvaise condition, ne réussissait pas à accueillir les malades contraints d'aller loger dans les environs en attendant d'être assistés.

Les organisations internationales présentes à Kukes dès les premiers jours de la crise, outre la Communauté de Sant'Egidio, étaient les suivantes:

l'International Medical Corps avec un service d'assistance ambulatoire pour les adultes et avec quelques médecins qui assuraient le service des camps; la Croix-Rouge italienne qui avait équipé l'hôpital du camp qui se bornait à traiter les urgences qui arrivaient de la frontière; Médecins sans frontières avec une tente-infirmerie restée à la frontière pour une assistance sanitaire de toute première urgence; l'UNICEF qui s'occupait uniquement de programmer une campagne de vaccination contre la polio et la rougeole. Par la suite, de nombreuses autres ONG sont venues au secours des réfugiés. Le service de pédiatrie de la Polyclinique de Kukes était en fait l'unique structure (à part le département de pédiatrie qui avait seulement 18 lits) qui cherchait à faire face aux demandes d'assistance pédiatrique d'une population estimée entre 70 et 90.000 personnes.