La preghiera è il cuore della vita della Comunità di Sant'Egidio ed è la sua prima opera. Al termine del giorno, ogni Comunità di Sant'Egidio, piccola o grande che sia, si raccoglie attorno al Signore per ascoltare la sua Parola. Dall'ascolto della Parola di Dio e dalla preghiera, infatti, scaturisce l'intera vita della Comunità. I discepoli non possono fare a meno di stare ai piedi di Gesù, come fece Maria di Betania, per ricevere da lui il suo amore e apprendere da lui i suoi stessi sentimenti (Fil 2,5).

Ogni sera, perciò, la Comunità tornando ai piedi del Signore fa propria la domanda dell'anonimo discepolo: "Signore, insegnaci a pregare!" E Gesù, maestro di preghiera, continua a rispondere: "Quando pregate, dite così: Abbà, Padre". Non è una semplice esortazione. E' molto di più. Con queste parole Gesù rende partecipi i discepoli del suo stesso rapporto con il Padre. Nella preghiera, perciò, prima ancora delle parole viene l'essere figli del Padre che sta nei cieli. E pregare quindi è anzitutto un modo di essere: ossia figli che si rivolgono con fiducia al Padre, certi che li ascolterà.

Gesù insegna a chiamare Dio: "Padre nostro", e non semplicemente "Padre" o "Padre mio". Il discepolo anche quando prega personalmente, non è mai isolato od orfano; è sempre membro della famiglia del Signore. Nella preghiera comune appare con chiarezza oltre al mistero della figliolanza anche quello della fraternità. Dicevano gli antichi Padri: "Non si può avere Dio per Padre se non si ha la Chiesa per madre". Nella preghiera comune lo Spirito Santo raccoglie i discepoli nella "sala al piano superiore", assieme a Maria, madre del Signore, perché rivolgano il loro sguardo verso il volto del Signore e apprendano da lui il suo cuore.

Le Comunità di Sant'Egidio, sparse nel mondo, si raccolgono nei vari luoghi della preghiera e presentano al Signore le speranze e i dolori delle "folle stanche e sfinite" (Mt 9,37) di cui parla il Vangelo. In quelle folle antiche sono presenti quelle sterminate delle città contemporanee, i milioni di profughi che continuano ad abbandonare le loro terre, i poveri messi ai margini della vita e tutti coloro che aspettano qualcuno che si prenda cura di loro. La preghiera comune raccoglie il grido, l'invocazione, l'aspirazione, il desiderio di pace, di guarigione e di salvezza che hanno gli uomini e le donne di questo mondo. Mai la preghiera è vuota. Essa sale incessante al Signore perché l'angoscia sia trasformata in speranza, il pianto in gioia, la disperazione in letizia, la solitudine in comunione. E il regno di Dio venga presto in mezzo agli uomini.