Im Juni 1998 brach ein bewaffneter Kampf aus zwischen dem Präsidenten Nino Vieira, der von Truppen aus dem Senegal und Guinea-Conakry unterstützt wurde und dem Generalstabschef Ansumane Mane, den 80% der nationalen Armee und ein bedeutender Teil der Bevölkerung unterstützte. Ursache waren innere Konflikte der Regierung.
Die Bilanz des Konflikts war schlimm: Hunderte getöteter Zivilisten und mehr als 100 000 Flüchtlinge. Im Juni 1999 besiegten die Truppen General Manes die Truppen des Präsidenten Vieira, nachdem sich die senegalesischen Truppen und die aus Guinea-Conakry zu Hilfe gesandten Truppen zurückgezogen hatten. Der Präsident musste ins Exil gehen.
Ende 1999 gab es Wahlen (Dezember 1999) sowie Präsidentschaftswahlen (Januar 2000) und eine Entwicklung zu einem demokratischeren System hin begann, die jedoch durch einen weiteren Versuch zum Staatsstreich noch im selben Jahr 2000 wieder erschüttert wurde.

Seit dem Bürgerkrieg hat sich die Situation des Landes verschlechtert. Weite Teile der Hauptstadt sind zerstört oder stark beschädigt. Telefonleitungen sind außer Betrieb, ein Erntejahr ist verloren, das schwer bombardierte Hauptkrankenhaus funktioniert nicht mehr. Auch das Krankenhaus "Raoul Follerau - Gemeinschaft Sant'Egidio" ist im Krieg bombardiert und von Soldaten besetzt worden. Die Anlage ist vielerorts stark beschädigt worden, wie Bilder zeigen.
Insgesamt ist daher die soziale, aber auch sanitäre Situation des Landes besonders problematisch, weil genau die Strukturen zerstört worden sind, die auch vorher schon mangelhaft gewesen waren. So ist die Verbindung zu den Nachbarländern behindert, da der Flughafen nur tagsüber arbeitet, das Eisenbahnnetz ungenügend ausgebaut ist und der Hafen teilweise beschädigt ist.